子午流注是古人根据人体气血脏腑经络的日、时开穴规律，配合十天干、十二地支、阴阳、五行、五俞穴联合组成的一种逐日按时开穴治病的方法，是祖国医学古典针灸学的宝贵遗产之一。
子午流注的起源，是以《黄帝内经》中“天人相应”的理论，阴阳五行学说为基础的。据史籍记载，生活在我国战国时期的扁鹊曾著有《子午经》一卷，而后晋代皇甫谧所辑撰《针灸甲乙经》也一再论述五腧穴的流行及其与季节的关系，隋唐时期一些医家也曾论及子午流注，至金时南唐（地名）人何若愚推崇和倡导子午流注法，曾撰著《流注指微论》（3卷）、《流注指微针赋》。同时代常山人阎明广十分赞赏何氏所撰《流注指微针赋》，因此他对《流注指微针赋》进行注解，又采摭诸家编著成《子午流注针经》（约1153——1163年）一书，这就是我国现存最早的子午流注专著。
《子述流注针经》全书3卷，卷上为流注指微针赋、流注经络井荥图说、平人气象论、经遂周环图及十二经脉的循行；卷中为手足井荥六十六穴图。三阳三阴流注总说、针刺定时图（缺）、十二经脉内行注穴图（缺）、三焦心包络二经流注说、五子元建日时歌；卷下为井荥歌诀六十首、五行造化歌等。书中强调人体经脉气血的流注、开合随不同的日、时干支配合的变化而变化，系统地论述了子午流注的理论原则和具体方法，从而确立了子午流注的理论体系，在我国针灸发展史上有着不可忽视的重要地位。
子午流注法与近代兴起的以生物钟理论为依据的时间治疗学有很多相似之处，其理论思想及科学价值正在广泛地引起国内外学者的研究兴趣和注意，据我国现代医学研究表明，人体内有几十种昼夜生理节律。调查证明：重症肝炎病人的死亡时间，死亡人数以午时最少，而亥时、子时较多，心病患者的死亡时间以卯时为最多，而肺病的死亡时间则未时最多。可见子午流注法在辩证施治方面也有其重要的价值和意义。
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